COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-09 17:00:00 12.851202 12.851202 14.245612
2021-02-08 17:00:00 14.518626 14.518626 14.367077
2021-02-07 17:00:00 15.395908 15.395908 14.357250
2021-02-06 17:00:00 6.259430 14.226573 14.362467
2021-02-05 17:00:00 14.772408 14.772408 14.475622
2021-02-04 17:00:00 14.618406 14.618406 14.521756
2021-02-03 17:00:00 14.196680 14.196680 14.569438

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-09 17:00:00 6.615427 6.615427 10.290320
2021-02-08 17:00:00 1.315884 5.145414 10.152977
2021-02-07 17:00:00 5.306719 12.079235 10.354810
2021-02-06 17:00:00 14.233781 14.233781 10.522591
2021-02-05 17:00:00 9.151194 9.151194 10.768994
2021-02-04 17:00:00 16.204559 16.204559 10.829871
2021-02-03 17:00:00 15.057009 15.057009 10.975781

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-09 17:00:00 17.966102 17.966102 13.799683
2021-02-08 17:00:00 14.705882 13.178295 14.210871
2021-02-07 17:00:00 15.618661 15.618661 14.467756
2021-02-06 17:00:00 11.691884 11.691884 14.680060
2021-02-05 17:00:00 12.842713 12.842713 14.780864
2021-02-04 17:00:00 10.608424 10.608424 14.909061
2021-02-03 17:00:00 18.528610 18.528610 15.289553

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-09 17:00:00 7.727086 7.727086 7.630488
2021-02-08 17:00:00 8.830846 5.836416 7.771943
2021-02-07 17:00:00 4.703704 7.185185 7.782819
2021-02-06 17:00:00 8.222037 8.222037 7.789270
2021-02-05 17:00:00 10.883424 10.883424 7.976783
2021-02-04 17:00:00 8.067093 8.067093 8.160862
2021-02-03 17:00:00 10.868079 6.818182 8.297186

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-09 17:00:00 16.712580 16.712580 16.948907
2021-02-08 17:00:00 28.636802 28.636802 17.002489
2021-02-07 17:00:00 23.353454 23.353454 16.415163
2021-02-06 17:00:00 1.159590 15.508075 16.041583
2021-02-05 17:00:00 14.513598 14.513598 15.903843
2021-02-04 17:00:00 13.878652 13.878652 15.433021
2021-02-03 17:00:00 13.686083 13.686083 15.051880

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-09 17:00:00 24.690422 24.690422 27.770043
2021-02-08 17:00:00 45.318619 45.318619 28.036817
2021-02-07 17:00:00 30.240700 30.240700 28.269277
2021-02-06 17:00:00 26.079578 26.079578 28.260488
2021-02-05 17:00:00 26.729375 26.729375 28.367646
2021-02-04 17:00:00 22.115028 22.115028 28.469216
2021-02-03 17:00:00 24.202497 24.202497 28.404472

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-09 17:00:00 11.605996 11.605996 16.559148
2021-02-08 17:00:00 16.645649 16.645649 15.972790
2021-02-07 17:00:00 15.388769 15.388769 16.253420
2021-02-06 17:00:00 8.951019 21.600418 16.365079
2021-02-05 17:00:00 15.621716 15.621716 16.604925
2021-02-04 17:00:00 18.566946 18.566946 17.050066
2021-02-03 17:00:00 17.974026 17.974026 17.211283

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-09 17:00:00 4.338028 4.338028 5.148579
2021-02-08 17:00:00 11.864664 4.315673 5.137434
2021-02-07 17:00:00 6.305257 6.305257 5.205657
2021-02-06 17:00:00 5.067720 5.067720 5.266099
2021-02-05 17:00:00 5.302291 5.302291 5.364009
2021-02-04 17:00:00 4.923877 4.923877 5.459950
2021-02-03 17:00:00 6.423841 6.423841 5.623851

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-09 17:00:00 11.115917 11.115917 14.894254
2021-02-08 17:00:00 14.039566 14.039566 15.033561
2021-02-07 17:00:00 26.863469 26.863469 15.149716
2021-02-06 17:00:00 15.907781 15.907781 14.780629
2021-02-05 17:00:00 12.943470 12.943470 14.504318
2021-02-04 17:00:00 22.765363 12.849162 14.267239
2021-02-03 17:00:00 15.061409 15.061409 13.879905

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-09 17:00:00 23.013737 23.013737 18.359198
2021-02-08 17:00:00 18.484097 18.484097 18.216427
2021-02-07 17:00:00 17.618328 17.618328 18.118769
2021-02-06 17:00:00 21.934527 21.934527 18.078444
2021-02-05 17:00:00 22.137742 14.866060 18.155385
2021-02-04 17:00:00 19.657735 19.657735 18.436349
2021-02-03 17:00:00 18.012229 18.012229 18.754709

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-09 17:00:00 8.176863 8.176863 12.102296
2021-02-08 17:00:00 25.560538 12.681043 12.197293
2021-02-07 17:00:00 13.690063 13.690063 12.330956
2021-02-06 17:00:00 12.831077 12.831077 12.424316
2021-02-05 17:00:00 13.324751 13.324751 12.443949
2021-02-04 17:00:00 14.384177 14.384177 12.576178
2021-02-03 17:00:00 13.429888 13.429888 12.689004

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-09 17:00:00 5.343511 20.101781 12.557260
2021-02-08 17:00:00 13.312203 13.312203 12.323253
2021-02-07 17:00:00 13.150289 13.150289 12.063409
2021-02-06 17:00:00 9.898477 9.898477 11.840618
2021-02-05 17:00:00 11.649366 11.649366 11.644088
2021-02-04 17:00:00 13.029316 13.029316 11.461026
2021-02-03 17:00:00 7.323944 10.263158 11.150719

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-09 17:00:00 228.164557 98.228883 94.662483
2021-02-08 17:00:00 74.127907 189.825581 90.752908
2021-02-07 17:00:00 64.032698 64.032698 87.993975
2021-02-06 17:00:00 102.035623 102.035623 86.438309
2021-02-05 17:00:00 79.330254 79.330254 85.352284
2021-02-04 17:00:00 101.771117 101.771117 83.859398
2021-02-03 17:00:00 71.055495 71.055495 82.191800

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-09 17:00:00 58.781362 58.781362 NaN
2021-02-08 17:00:00 29.729730 29.729730 NaN
2021-02-07 17:00:00 65.543071 65.543071 NaN
2021-02-06 17:00:00 83.734940 83.734940 NaN
2021-02-05 17:00:00 84.166667 84.166667 NaN
2021-02-04 17:00:00 68.181818 68.181818 NaN
2021-02-03 17:00:00 116.000000 116.000000 NaN

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-09 17:00:00 10.255136 10.255136 14.835368
2021-02-08 17:00:00 18.435115 18.435115 15.055290
2021-02-07 17:00:00 18.869066 18.869066 15.138834
2021-02-06 17:00:00 15.940418 15.940418 15.102515
2021-02-05 17:00:00 14.735516 14.735516 15.308043
2021-02-04 17:00:00 17.885638 17.885638 15.133832
2021-02-03 17:00:00 13.532716 13.532716 15.136563

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-09 17:00:00 15.752949 15.752949 25.158021
2021-02-08 17:00:00 13.839941 32.268722 25.788824
2021-02-07 17:00:00 45.508626 45.508626 27.053497
2021-02-06 17:00:00 23.792395 23.792395 27.006541
2021-02-05 17:00:00 28.151066 28.151066 26.866154
2021-02-04 17:00:00 27.045770 27.045770 27.146992
2021-02-03 17:00:00 24.432483 24.432483 27.399126

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-09 17:00:00 5.636743 5.636743 6.420038
2021-02-08 17:00:00 5.137615 5.137615 6.289499
2021-02-07 17:00:00 9.777778 9.777778 6.365855
2021-02-06 17:00:00 5.484862 5.484862 6.474070
2021-02-05 17:00:00 7.074090 7.074090 6.627804
2021-02-04 17:00:00 9.606373 9.606373 6.772333
2021-02-03 17:00:00 4.746100 4.746100 6.913505

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-09 17:00:00 13.726937 13.726937 13.151951
2021-02-08 17:00:00 11.658537 11.658537 13.424658
2021-02-07 17:00:00 12.954186 12.954186 13.567441
2021-02-06 17:00:00 13.261421 13.261421 13.768461
2021-02-05 17:00:00 11.045365 11.045365 14.025098
2021-02-04 17:00:00 13.294019 13.294019 14.235484
2021-02-03 17:00:00 14.198718 14.198718 14.445673

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-09 17:00:00 6.291667 6.291667 8.327903
2021-02-08 17:00:00 12.137387 7.263889 8.187749
2021-02-07 17:00:00 10.090634 10.090634 8.120861
2021-02-06 17:00:00 9.038682 9.038682 8.113022
2021-02-05 17:00:00 9.308792 9.308792 8.076394
2021-02-04 17:00:00 9.633667 9.633667 8.064949
2021-02-03 17:00:00 6.426405 7.734962 7.998192

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-09 17:00:00 21.626298 26.464361 24.805249
2021-02-08 17:00:00 90.047393 13.418079 24.871595
2021-02-07 17:00:00 28.191882 28.191882 24.917614
2021-02-06 17:00:00 25.397974 25.397974 24.528037
2021-02-05 17:00:00 29.632107 29.632107 24.434358
2021-02-04 17:00:00 26.341808 26.341808 24.526667
2021-02-03 17:00:00 30.171278 30.171278 24.753653

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-09 17:00:00 15.384615 15.384615 11.788502
2021-02-08 17:00:00 26.530612 26.530612 11.001072
2021-02-07 17:00:00 1.562500 1.562500 10.984861
2021-02-06 17:00:00 13.333333 13.333333 10.314525
2021-02-05 17:00:00 8.888889 8.888889 10.143088
2021-02-04 17:00:00 13.095238 13.095238 9.811031
2021-02-03 17:00:00 13.253012 13.253012 9.994393

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-02-09 17:00:00 25.905395 25.905395 24.516319
2021-02-08 17:00:00 29.885057 16.579145 24.298248
2021-02-07 17:00:00 22.794118 22.794118 24.204368
2021-02-06 17:00:00 30.262200 30.262200 24.289638
2021-02-05 17:00:00 25.056264 25.056264 24.876538
2021-02-04 17:00:00 28.589662 28.589662 24.824301
2021-02-03 17:00:00 21.764706 21.764706 25.068660

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 6.615427 6.615427 10.290320
Basilicata 17.966102 17.966102 13.799683
Calabria 7.727086 7.727086 7.630488
Campania 16.712580 16.712580 16.948907
Emilia-Romagna 24.690422 24.690422 27.770043
Friuli Venezia Giulia 11.605996 11.605996 16.559148
Lazio 4.338028 4.338028 5.148579
Liguria 11.115917 11.115917 14.894254
Lombardia 23.013737 23.013737 18.359198
Marche 8.176863 8.176863 12.102296
Molise 5.343511 20.101781 12.557260
P.A. Bolzano 228.164557 98.228883 94.662483
P.A. Trento 58.781362 58.781362 NaN
Piemonte 10.255136 10.255136 14.835368
Puglia 15.752949 15.752949 25.158021
Sardegna 5.636743 5.636743 6.420038
Sicilia 13.726937 13.726937 13.151951
Toscana 6.291667 6.291667 8.327903
Umbria 21.626298 26.464361 24.805249
Valle d'Aosta 15.384615 15.384615 11.788502
Veneto 25.905395 25.905395 24.516319

© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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